Lima buah universiti telah diberi kuasa autonomi dalam usaha menjadi institusi berinovasi dan berdaya saing. Universiti yang dimaksudkan adalah Universiti Teknologi Malaysia (UTM), Universiti Malaya (UM), Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM), Universiti Sains Malaysia (USM) dan Universiti Putra Malaysia (UPM).
Pemberian autonomi itu hanya diberikan dalam empat bidang iaitu tadbir urus institusi, kewangan dan penjanaan kekayaan; pengurusan 
sumber manusia dan pengurusan akademik serta kemasukan pelajar. Ini bagi membolehkan pusat pengajian terbabit membuat perancangan sendiri dalam usaha menjadi institusi bertaraf antarabangsa.
Menurut Menteri Pengajian Tinggi, Datuk Seri Mohamed Khaled Nordin, autonomi adalah prasyarat penting untuk mewujudkan persekitaran kampus yang dinamik melalui pengurusan institusi pengajian tinggi awam (IPTA) yang lebih berdaya saing, kreatif dan anjal.
